Magdalena Lobnig rudert seit ihrem 14. Lebensjahr und ist für den VST Völkermarkt zunächst im Doppelvierer und Doppelzweier aktiv. Ihre Boote verbuchen erste Erfolge im Juniorinnen-Bereich bis hin zum U23-Weltmeistertitel (Doppelzweier).
2013 wechselt Lobnig in den Einer und wird auf Anhieb Vize-Europameisterin und WM-Vierte. Die Qualifikation für die Olympischen Spiele Rio de Janeiro 2016 hat sie auch alsbald in der Tasche. Die Olympia-Saison geht mit dem Europameistertitel auch gleich gut los. In Rio präsentiert sich die Kärntnerin ebenfalls stark, rudert ins A-Finale und kommt als hervorragende Sechste ins Ziel.
Zwei WM-Bronze-Medaillen (2017, 2018) und einen EM-Titel (2016) bzw. zwei EM-Silberne (2018, 2020) später zählt Lobnig bei den Olympischen Spielen Tokio 2020 zum erweiterten Favoritenkreis. Am Sea Forest Waterway enttäuschte die zu diesem Zeitpunkt 31-Jährige nicht und holt hinter der Neuseeländerin Emma Twigg und der Russin Hanna Prakatsen Bronze. Zuvor hatte es seit Christoph Zerbst/Arnold Jonke 1992 (Silber im Doppelzweier) keine österreichischen Ruderer gegeben, die sich olympisches Edelmetall umhängen durften.
Nach einer verletzungsbedingten Pause sucht Lobing 2022 eine neue Herausforderung und holt ihre zwei Jahre ältere Schwester Katharina in den Doppelzweier. Auf Anhieb gelingt bei der WM Rang vier. Anschließend verletzt sich Katharina, weshalb es für Magdalena zurück in den Einer geht. Im September 2023 löst Lobnig, die neben ihren sieben Medaillen bei Großereignissen außerdem bei rund 30 Staatsmeistertiteln und zwei Gesamtweltcup-Siegen (2017, 2021) hält, zum dritten Mal in ihrer Karriere das Olympia-Ticket und erlebt in Paris 2024 somit ihren Olympia-Hattrick.